Từ sau năm 1939, tại Sài Gòn đã có một con đường nhỏ mang tên đường Phan Thanh Giản. Đến ngày 22 tháng 3 năm 1955, nhà cầm quyền cho đổi tên thành đường Ngô Tùng Châu. Ngày 4 tháng 4 năm 1985, Uỷ ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh lại lần nữa quyết định đổi tên thành đường Lê Thị Riêng cho đến ngày nay.

Cuối năm 1945, chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa của Mặt trận Việt Minh đã cho đổi tên đường trước đây mang tên người Pháp thành đường phố mang tên danh nhân người Việt Nam, trong đó có đường Phan Thanh Giản ở thành phố Hà Nội (nay là đường Lê Phụng Hiểu) và ở thành phố Hải Phòng (nay là đường Ký Con). Tuy nhiên, sau khi thực dân Pháp chiếm lại được các thành phố này vào cuối năm 1946 thì tên đường Phan Thanh Giản cũng bị mất đi và trở lại bằng các tên đường mang tên người Pháp như cũ.

Sau đó, chính quyền Quốc gia Việt Nam do Bảo Đại đứng đầu vốn trực thuộc khối Liên hiệp Pháp cũng cho đặt tên đường phố mang tên Phan Thanh Giản tại các thành phố này trên cơ sở một lần nữa xóa bỏ tên đường cũ mang tên người Pháp. Cụ thể, từ đầu năm 1951, tại thành phố Hà Nội lại có đại lộ Phan Thanh Giản và đến năm 1954 thành phố Hải Phòng cũng có đại lộ Phan Thanh Giản. Tuy nhiên, sau năm 1955 ở Hải Phòng con đường này đã đổi tên thành đường Cù Chính Lan cho đến nay; và tại Hà Nội đến năm 1964 thì đường Phan Thanh Giản cũng đổi tên thành đường Nguyễn Hữu Huân cho đến ngày nay.

Ở Thành phố Hồ Chí Minh trước năm 1975 (lúc đó bao gồm Đô thành Sài Gòn và tỉnh Gia Định) có tới hai con đường mang tên Phan Thanh Giản:

• Tại Đô thành Sài Gòn cũ, từ ngày 22 tháng 3 năm 1955 đường Phan Thanh Giản chính thức được đặt tên cho một trong những tuyến đường lớn và dài nhất. Ngày 14 tháng 8 năm 1975, đường này bị thay đổi tên thành đường Điện Biên Phủ (đoạn từ vòng xoay cầu Điện Biên Phủ đến vòng xoay ngã 7) theo Quyết định của Ủy ban Quân quản thành phố Sài Gòn - Gia Định.
• Tại quận Gò Vấp thuộc tỉnh Gia Định cũ, từ sau năm 1955 đã có một con đường quan trọng mang tên là đường Phan Thanh Giản đi ngang qua khu vực trung tâm quận lỵ Gò Vấp. Mãi cho đến ngày 4 tháng 4 năm 1985, đường Phan Thanh Giản này mới bị thay đổi tên là đường Nguyễn Thái Sơn cho đến ngày nay theo Quyết định của Uỷ ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh.

Còn ở thành phố Cần Thơ trước năm 1975 có ngôi trường trung học Phan Thanh Giản (dành cho nam sinh) tọa lạc ngay trên đường Phan Thanh Giản. Sau năm 1975, trường này bị đổi tên thành trường cấp 3 An Cư và đến năm 1985 lại đổi tên thành trường Trung học phổ thông Châu Văn Liêm; còn tên đường Phan Thanh Giản bị đổi tên thành đường Phan Đăng Lưu và không lâu sau lại đổi thành tên đường Xô Viết Nghệ Tĩnh, giữ nguyên cho đến ngày nay.

Tên đường Phan Thanh Giản vốn có từ trước năm 1975 ở nhiều thị xã, đô thị tỉnh lỵ và quận lỵ (hiện nay gọi là thị trấn, thị xã và thành phố) trên toàn miền Nam, tính từ Quảng Trị cho tới Cà Mau hầu hết đều đã bị thay đổi bằng tên đường khác sau năm 1975, cụ thể như sau:

• Bạc Liêu: nay là đường Phan Ngọc Hiển
• Sóc Trăng: nay là đường Lê Hồng Phong
• Vị Thanh: nay là đường Hải Thượng Lãn Ông
• Rạch Giá: nay là đường Trần Quang Diệu
• Sa Đéc: nay là đường Nguyễn Huệ
• Vĩnh Long: nay là đường 3 tháng 2
• Bến Tre: nay là đường Đồng Khởi
• Trà Vinh: nay là đường Nam Kỳ Khởi Nghĩa
• Gò Công: nay là đường Lê Thị Hồng Gấm
• Tân An: nay là đường Phan Văn Đạt
• Tây Ninh: nay là đường Cách mạng tháng 8
• Bà Rịa: nay là đường Nguyễn Đình Chiểu
• Vũng Tàu: nay là đường Lý Tự Trọng
• Đà Lạt: nay là đường Lê Thị Hồng Gấm
• Phan Thiết: nay là một đoạn của đường Chu Văn An
• Nha Trang: nay là đường Pasteur
• Pleiku: nay là đường Lê Hồng Phong
• Kontum: nay là đường Trần Phú
• Đà Nẵng: nay là đường Hoàng Văn Thụ
• Huế: nay là đường Lê Quý Đôn

Tuy nhiên, tại một số đô thị ở miền Nam, tên đường Phan Thanh Giản vẫn được giữ lại và không bị xóa tên từ trước năm 1975 cho đến ngày nay, cụ thể như tại Mỹ Tho, Lái Thiêu, Trà Ôn, Tân Châu, Giá Rai.